Hlavným cieľom návrhu zákona je legislatívna úprava fungovania neziskových organizácií poskytujúcich všeobecne prospešné služby, ktorej zakladateľom alebo spoluzakladateľom je štát, v mene ktorého koná Ministerstvo zdravotníctva Slovenskej republiky (ďalej len „nezisková organizácia založená štátom“) a odstránenie niektorých nedostatkov všeobecnej právnej úpravy neziskových organizácií poskytujúcich všeobecne prospešné služby.
Návrh zákona reaguje na potreby aplikačnej praxe, kde súčasné pravidlá neumožňujú meniť zakladateľskú štruktúru neziskových organizácií založených štátom, čo môže ohroziť práva a oprávnené záujmy doterajších zakladateľov, ktorými sú často aj fyzické osoby bez možnosti dedenia zakladateľského podielu. Keďže neziskové organizácie založené štátom vznikli v procese transformácie podľa transformačného zákona, je potrebné zabezpečiť, aby do zakladateľskej štruktúry nevstupovali iné osoby, ako osoby oprávnené zúčastňovať sa transformačného procesu v postavení kvalifikovaných záujemcov.
Návrh zákona má za cieľ aj úpravu postavenia tzv. prioritného majetku ako majetku, ktorý do neziskových organizácií založených štátom vložil štát. Tento majetok musí byť aj naďalej osobitne chránený, pretože predstavuje základnú garanciu dodržiavania účelu transformačného procesu v zdravotníctve, a to poskytovanie zdravotnej starostlivosti. Súčasné pravidlá však neprimerane zasahujú do možnosti neziskových organizácií založených štátom tento majetok prenajať prípadne s ním inak dočasne naložiť, hoci by to prospelo zefektívneniu poskytovania zdravotnej starostlivosti. Zákon takisto zakazuje predaj, založenie alebo iné použitie prioritného majetku na zabezpečenie záväzkov neziskových organizácií. Prioritný majetok je teda legislatívne chránený prísnejšie ako majetok štátu, aj keď de iure o majetok štátu nejde. Prax však ukazuje, že ak sa časť prioritného majetku stane dočasne prebytočnou alebo prebytočnou, neziskové organizácie nemajú žiadnu možnosť s ním nakladať a takýto majetok stojí a leží bez racionálneho využitia. Preto sa ako vhodné javí umožniť neziskovej organizácií založenej štátom nakladať aj s takýmto majetkom, ak bude súčasne zabezpečená kontrola zo strany štátu, v tomto prípade prostredníctvom kvalifikovanej dvojtretinovej väčšiny v správnej rade (súhlas štyroch z piatich členov správnej rady). Prevod prioritného hnuteľného majetku by však mal podliehať nielen súhlasu správnej rady, ale aj všetkých zakladateľov vrátane štátu, ktorý prioritný majetok do neziskovej organizácie vložil.
Súčasná právna úprava neziskových organizácií, ktorú predstavuje zákon o neziskových organizáciách poskytujúcich všeobecne prospešné služby obsahuje aj niektoré nedostatky, ktoré nekorešpondujú s úpravou podobných inštitútov pri ostatných typoch právnických osôb a prispievajú tak k nevýhodnejšiemu postaveniu neziskových organizácií. Ide o inštitút automatického zrušenia neziskovej organizácie z dôvodu omeškania s preukázaním oprávnenia na výkon činnosti upravenej osobitnými predpismi v lehote 30 dní od nadobudnutia takéhoto oprávnenia a z dôvodu neuloženia výročnej správy vo verejnej časti registra účtovných závierok v lehote do 15. júla. V oboch prípadoch ide o administratívne pochybenia neziskovej organizácie, pri ktorých pôsobí sankcia v podobe automatického zrušenia neziskovej organizácie značne neprimerane, osobitne v situácii, ak nápravu už nie je možné dodatočne vykonať a nezisková organizácia smeruje už len k likvidácii a zániku. Návrh zákona má preto za cieľ zmierniť tieto dôsledky, avšak pri zachovaní možnosti primeraného sankcionovania neziskovej organizácie formou jej zrušenia na základe rozhodnutia súdu, ak si nezisková organizácia vyššie uvedené povinnosti nesplní ani dodatočne po výzve súdu.
